（一）货物运输业务税负大幅增加

    从我们了解的情况看，物流企业从事仓储、货代等“物流辅助服务”，其税收负担基本持平或增加不多，多数企业可通过内部降本增效等措施自行消化。装卸搬运服务和货物运输服务从3%的营业税税率调整为11%的增值税税率，上调幅度较大。特别是货物运输服务是物流企业最基本的服务，且实际可抵扣项目较少，导致试点后企业实际税负大幅增加。如，上海德邦物流有限公司1月份实际税负比营业税税负上升约3.4个百分点，增幅高出1倍还多；上海佳吉快运有限公司1~2月由营业税实际负担率1.63%，上升到增值税实际负担率4.71%，上升189%；上海中远物流公司1月份实际负担率增加215%。

    仅看部分企业1月份税负情况，也许不具代表性，但与我们此前模拟测算结果基本吻合。据2011年3月我会对65家大型物流企业的调查，2008~2010年3年年均营业税实际负担率为1.3%，其中货物运输业务负担率平均为1.88%。实行增值税后，即使货物运输企业发生的可抵扣购进项目实务中全部可以取得增值税专用发票进行进项税额抵扣，实际增值税负担率也会增加到4.2%，上升幅度为123%。

    造成这一状况的主要原因：一是货物运输业务增值税税率偏高；二是可抵扣进项税额偏少。改征增值税后，交通运输企业可抵扣的项目主要为购置运输工具和燃油、修理费所含的进项税。由于运输工具购置成本高、使用年限长 （尤其是船舶，使用年限可达20年以上），多数相对成熟的大中型企业，未来几年或更长时间不可能有大额资产购置，因此实际可抵扣的固定资产所含进项税很少。在货物运输业务中，燃油、修理费等可抵扣进项税的成本在总成本中所占比重不足40%，即使全部可以取得增值税专用发票并进行进项税额抵扣，实际负担率也会显著增加。此外，人力成本、路桥费、房屋租金、保险费等主要成本均不在抵扣范围，也是税负增加的重要原因。

    货物运输业是充分竞争的行业，平均利润率只有3%左右。税负增加的结果，一方面进一步挤压企业利润，影响行业发展；一方面在自身难以消化的情况下，必然引起运价上涨，从而推高物价。这样的结果，显然有违《试点方案》中，关于“改革试点行业总体税负不增加或略有下降”的指导思想。2012年年初，上海市出台《关于实施营业税改征增值税试点过渡性财政扶持政策的通知》 （沪财税 [2012]5号），对上海市“营改增”试点过程中因新老税制转换而产生税负有所增加的试点企业实施过渡性财政扶持政策，也反映了部分行业税负增加较多的现实。但从长期来看，不能依靠过渡性财政扶持政策根本解决企业税负大幅增加的现实问题。

    （二）物流业务各环节税率不统一问题仍未解决

    我国现行营业税制度将物流业务划分为交通运输业与服务业两类税目，运输、装卸、搬运税率为3％，仓储、配送、代理等税率为5％。物流业务各环节税目不统一、税率不相同、发票不一致，是多年来困扰物流业发展的政策瓶颈。

    为此，“国九条”明确指出：“要结合增值税改革试点，尽快研究解决仓储、配送和货运代理等环节与运输环节营业税税率不统一的问题。”而《试点方案》依旧对物流业设置了“交通运输服务”和“物流辅助服务”两类应税服务项目，交通运输服务按照11%的税率，物流辅助服务按照6%的税率征收增值税。

    整合各类物流资源，实行供应链管理，一体化运作，开展一票到底业务、一站式服务，是物流企业基本的运作模式，也是客户普遍的服务要求。在实际经营中，各项物流业务上下关联，很难区分运输服务与物流辅助服务，人为划分不仅不适应现代物流一体化运作的需要，也增加了税收征管工作的难度。

    （三）操作过程中还有一些具体问题亟待明确

    一是快递企业适用税率仍不明确。在现行营业税体制下，由于对政策理解和掌握尺度不尽一致，各地基层税务机关对快递业营业税税目的认定上存在差异。分别有交通运输业、货代业、邮电通信业等3种不同的身份认定。征管标准不统一，是长期困扰快递企业的政策问题。但是由于在营业税体制下，税收差异不大，矛盾并未凸显。“营改增”试点后，试点地区税务机关实际操作中是依据原营业税纳税税目来确定试点纳税人。这次被认定为试点纳税人的快递企业，多数按照交通运输业纳税人对待，适用11%的增值税税率。有的快递企业不在试点范围之内，依旧按照邮电通信业缴纳营业税。这样，不仅造成同业间适用税目不一致，而且税负差异较大，导致同类企业税负不公。快递业属于劳动密集型企业，人力成本占总成本比重较高，可以抵扣的项目更少。如按交通运输业11%税率征收增值税，税负将大幅增加。

    二是物流企业集团及其分、子公司无法合并缴纳增值税。《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点实施办法》第七条规定：“两个或两个以上纳税人，经财政部和国家税务总局批准可以视为一个纳税人合并纳税。”2011年12月30日，财政部、国家税务总局发布《关于中国东方航空公司执行机构试点纳税人增值税计算缴纳暂行办法的通知》 （财税[2011]132号），允许中国东方航空公司及其分、子公司合并缴纳增值税。

    由于一体化运作、网络化经营的需要，物流企业普遍采用总部统一采购运输工具、分公司实际运营的方式，造成分公司可抵扣进项税额很少，而总部形成大量进项税留底的情况。又如，同一集团下属内部货代公司向运输公司采购大量运力，货代公司按照6%缴纳增值税，取得的运费增值税发票可按照11%抵扣，货代公司可能形成大量进项税留底；而运输公司税率由3%提高到11%，税负大幅增加。如允许集团化的物流企业合并缴纳增值税，将平衡集团内税收负担，支持物流企业向大型化、集团化发展。

    三是增值税发票征管问题。物流企业与传统生产制造企业的业务模式和客户类型差异较大，有些物流企业 （如，货物运输代理服务、代理报关服务、仓储服务和装卸搬运服务等）开票金额小、频率高、数量大。如，中外运长航集团下属华东公司，每月开具发票约2.5万份，取得的发票则超过10万份。物流企业在发票的购买、开具、比对等方面工作量太大，不仅企业增加了人力成本，也给税务机关增值税发票征管工作带来很大不便。

    四是现行的增值税会计核算方法不符合行业特点。多年来，物流业等现代服务业形成了自身会计核算方法。《上海市财政局关于本市营业税改征增值税试点有关差额征税会计处理的通知[试行]》 （沪财会[2012]8号）对试点纳税人会计核算作了规定，要求物流企业确认收入成本的同时确认增值税额。在实际业务中，物流企业收入成本确认方式，开具发票和取得发票的时点与原增值税一般纳税人企业不尽相同，该文件实务中难以操作。同时，大部分大型物流企业已经形成了差额纳税的财务处理流程，企业账务系统改造和会计核算调整需要一定的时间和资金投入。